Especializada nas áreas de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Imunologia, Patologia, Biologia Celular e Molecular e Biotecnologia, oferece suporte informacional à pesquisa científica, ao ensino de pós-graduação, à iniciação científica e à administração, além de servir como parte da rede de informação em saúde da Fiocruz. Seu acervo é composto por aproximadamente 300.000 itens, incluindo obras raras, livros, periódicos, teses, dissertações e DVDs. A biblioteca oferece serviços como auxílio na normalização de trabalhos acadêmicos e acesso a bases de dados, além de empréstimo e solicitação de artigos via Rede de Bibliotecas da FIOCRUZ, COMUT e SCAD-BIREME. É aberta ao público em geral, com acesso gratuito.

Especializada em história da medicina, história da saúde pública, história, sociologia e filosofia da ciência, a biblioteca inclui em sua coleção literatura primária e secundária nessas áreas, com destaque para obras clássicas no campo das ciências biomédicas e da saúde pública, além de material bibliográfico pertencente a coleções particulares de profissionais da área da saúde. Conta com cerca de 80 mil itens e desenvolve atividades de tratamento e recuperação de seu acervo. É aberta ao público em geral, com acesso gratuito.

A Seção de Obras Raras A. Overmeer/Biblioteca de Manguinhos que integra a Rede de Bibliotecas da Fiocruz, tem a missão de guardar, conservar, divulgar e promover o acesso às obras formadoras de seu acervo para o público. A preservação do acervo é parte importante das atividades desenvolvidas pela Seção sob orientação do LACOPD – Laboratório de Conservação Preventiva de Documentos/Gestão de Acervos. 

O acervo da Seção de Obras Raras possui cerca de 30.000 volumes, de diversificada tipologia bibliográfica, como livros, periódicos, folhetos e é composto por obras que remontam ao século XVII. No acervo de periódicos encontram-se mais de 600 títulos de revistas científicas internacionais e nacionais de reconhecido valor histórico. Estão guardados nesse conjunto importantes periódicos brasileiros dos séculos XVIII, XIX e XX. A Seção de Obras Raras está situada no Pavilhão Mourisco desde sua origem, ocupa as atuais instalações da Biblioteca desde 1909.